租税特別措置法

変更の概要

今回の改正は、租税特別措置法第八十一条（医療機関の開設者が再編計画に基づき不動産を取得した場合の登録免許税の軽減）で引用している「地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律」の条番号を更新するものである。具体的には、再編計画の定義が第十二条の二の二第一項から第十三条第一項へ、認定の変更が第十二条の六第一項から第十三条の五第一項へ、医療機関の再編の事業の定義が第十二条の二の二第一項から第十三条第一項へと改められた。

税率（土地の所有権移転登記は千分の十、建物の所有権保存登記は千分の二）、適用対象、登記後一年以内の要件に変更はないことが確認できる。附則の施行期日に関する抜粋では、令和九年四月一日施行や政令委任の規定が見られるが、本条文の施行日はメタデータ上は二〇二六年四月一日とされており、両者の整合は原典での確認が必要である。

実務上の留意点

税率や要件の実質的変更がないため、既存の再編計画に基づく登記手続の内容は基本的に変わらないと考えられる。ただし、登記申請書や添付書類に記載する根拠条文の表記は、新しい条番号に合わせて見直す必要がある可能性がある。

再編計画の認定を受けた時期（令和八年三月三十一日までの認定が要件）と、取得後一年以内の登記期限は引き続き管理が必要である。施行日の解釈に疑義がある場合は、所轄の登記所や税務署への確認が望ましいと考えられる。

対象となる主な組織

再編計画に基づき医療機関の再編を進める医療法人や個人の医療機関開設者が主な対象となる。また、これらの顧客の登録免許税や不動産取得に関する手続を支援する税理士・会計事務所、司法書士事務所においても、条文参照の確認が必要になると考えられる。

条文差分（機械抽出）

--- 旧
+++ 新
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 五 合併による不動産の所有権の取得千分の二
 六 分割による不動産の所有権の取得千分の四
-（医療機関の開設者が再編計画に基づき不動産を取得した場合の所有権の移転登記等の税率の軽減）第八十一条 再編計画（地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律（平成元年法律第六十四号）第十二条の二の二第一項に規定する再編計画をいう。以下この条において同じ。）の同項の認定（同法第十二条の六第一項の変更の認定を含む。以下この条において「再編計画の認定」という。）を受けた医療機関の開設者（良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保を推進するための医療法等の一部を改正する法律（令和三年法律第四十九号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日から令和八年三月三十一日までの間に当該再編計画の認定を受けた者に限る。次項において同じ。）が、当該再編計画に記載された医療機関の再編の事業（地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律第十二条の二の二第一項に規定する医療機関の再編の事業をいう。次項において同じ。）に必要な土地の取得をした場合には、当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十とする。
+（医療機関の開設者が再編計画に基づき不動産を取得した場合の所有権の移転登記等の税率の軽減）第八十一条 再編計画（地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律（平成元年法律第六十四号）第十三条第一項に規定する再編計画をいう。以下この条において同じ。）の同項の認定（同法第十三条の五第一項の変更の認定を含む。以下この条において「再編計画の認定」という。）を受けた医療機関の開設者（良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保を推進するための医療法等の一部を改正する法律（令和三年法律第四十九号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日から令和八年三月三十一日までの間に当該再編計画の認定を受けた者に限る。次項において同じ。）が、当該再編計画に記載された医療機関の再編の事業（地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律第十三条第一項に規定する医療機関の再編の事業をいう。次項において同じ。）に必要な土地の取得をした場合には、当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十とする。
 ２ 再編計画の認定を受けた医療機関の開設者が、再編計画に記載された医療機関の再編の事業に必要な建物の建築をした場合には、当該建物の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該建築後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の二とする。
 （特定国際船舶等の所有権の保存登記等の税率の軽減）第八十二条 海上運送業を営む者で政令で定めるもの（以下この条において「海上運送事業者」という。）が、平成十八年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に海上運送法第四十四条の二に規定する国際船舶のうち特に輸送能力の高いものとして政令で定めるもの（次項において「対象船舶」という。）で同法第三十九条の十九第一項に規定する特定船舶に該当するもの（以下この項及び第三項において「特定国際船舶」という。）を同法第三十九条の二十三に規定する認定特定船舶導入計画（第三項において「認定特定船舶導入計画」という。）に基づき建造した場合において、当該特定国際船舶で事業の用に供したことのないものの所有権の保存の登記を受けるときは、当該特定国際船舶の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該期間内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の二とする。
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 二 道路及びこれに関連する社会資本の保全の重要性、物価の動向等並びに温室効果ガスの排出の量の削減等に関する目標との関係にも留意しつつ、安定財源を確保するための具体的な方策を引き続き検討し、この法律の公布後おおむね一年を目途に結論を得ること。
 三 地方の安定財源の確保については、前二号の税制措置による地方の増収額を活用するほか、具体的な方策を引き続き検討し、速やかに結論を得ること。その際、安定財源の確保の完成までの間において、地方の財政運営に支障が生じないよう、地方財政措置において適切に対応すること。
+附 則
+（施行期日）第一条 この法律は、令和九年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
+一及び二 略
+三 第四条の規定（第一号に掲げる改正規定を除く。）、第十条中地方税法附則第十一条第十六項の改正規定（「第十二条の七」を「第十三条の六」に、「第十二条の二の二第一項」を「第十三条第一項」に改める部分に限る。）及び第十八条の規定並びに附則第三十七条の規定公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日