租税特別措置法の一部を改正する法律（地域公共交通の活性化及び再生に関する法律の一部改正に伴う改正を含む）

変更の概要

今回の改正は、租税特別措置法の登録免許税に関する特例規定の見直しである。主な変更点は次の通りである。

• 第八十三条の四（認定鉄道事業再構築実施計画に基づく不動産取得の登記税率軽減）において、引用する地域公共交通の活性化及び再生に関する法律の条番号が第二条第九号から第二条第十号に改められた。実質的な税率や要件は変わらないと考えられる。
• 第八十三条の四に続く規定として、小規模不動産特定共同事業者（不動産特定共同事業法第二条第七項）または小規模特例事業者（同法第二十二条の二第三項）が、特定の不動産取引の目的となる建築物を新築、改築または特例増築等した場合の所有権保存登記について、登録免許税の税率を千分の三とする規定が追加された。
• 新幹線鉄道の建設に係る不動産の登記等の免税規定（第八十四条）は、本文中の参照条文の確認対象となっている。

実務上の留意点

• 参照条番号の変更は条文の引用整合を図るものと考えられ、既存の税率軽減の適用要件に影響しないと考えられる。ただし、社内規程やマニュアルで旧条番号を参照している場合は更新が必要となる。
• 小規模不動産特定共同事業者は、対象建築物の所有権保存登記について財務省令で定める期間内に登記を受けることが適用要件となっているため、登記時期の管理が必要である。
• 施行日は入力上2026-10-16とされているが、附則では公布から六月を超えない範囲で政令で定める日とされているため、最終的な施行日は政令で確認する必要がある。
• 附則の施行期日条文の新旧対照に記載の差分は、入力の抽出過程による表示の可能性があるため、官報または e-Gov の正本で確認することが望ましい。

対象となる主な組織

• 認定鉄道事業再構築実施計画に基づき不動産を取得する鉄道事業者
• 小規模不動産特定共同事業者および小規模特例事業者
• 新幹線鉄道の建設主体として指名された法人
• 不動産取引の登記実務を担う司法書士事務所や不動産実務担当部署

条文差分（機械抽出）

--- 旧
+++ 新
@@ -7207,5 +7207,5 @@
 二 特例建築物とするために増築、修繕又は模様替で政令で定めるもの（次項において「特例増築等」という。）をすることが必要な建築物として政令で定めるもの
 ４ 不動産特定共同事業法第二条第七項に規定する小規模不動産特定共同事業者又は同法第二十二条の二第三項に規定する小規模特例事業者が、前項に規定する不動産特定共同事業契約に係る不動産取引の目的となる建築物（特例建築物又は同項第二号に掲げる建築物に限る。）の新築、改築又は特例増築等をした場合には、当該建築物（特例増築等の場合にあつては、当該特例増築等部分に限る。）の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより同項に規定する期間内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三とする。
-（認定鉄道事業再構築実施計画に基づき不動産を取得した場合の所有権等の移転登記の税率の軽減）第八十三条の四 地域公共交通の活性化及び再生に関する法律（平成十九年法律第五十九号）第二条第二号イに規定する鉄道事業者（同法第二十五条第一項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の規定により鉄道事業法第三条第一項の許可を受けたものとみなされた者を含む。）が、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十四条第八項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）に規定する認定鉄道事業再構築実施計画（令和六年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に同法第二十四条第二項（同条第七項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）及び同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の規定による認定を受けたものに限る。）に基づき同法第二条第九号に規定する鉄道事業再構築事業に係る同号の旅客鉄道事業の用に供する土地又は建物で政令で定めるものの所有権、地上権又は賃借権の取得をした場合には、当該土地又は建物の所有権、地上権又は賃借権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定の日から一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、所有権の移転の登記にあつては千分の十とし、地上権又は賃借権の移転の登記にあつては千分の五とする。
+（認定鉄道事業再構築実施計画に基づき不動産を取得した場合の所有権等の移転登記の税率の軽減）第八十三条の四 地域公共交通の活性化及び再生に関する法律（平成十九年法律第五十九号）第二条第二号イに規定する鉄道事業者（同法第二十五条第一項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の規定により鉄道事業法第三条第一項の許可を受けたものとみなされた者を含む。）が、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律第二十四条第八項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）に規定する認定鉄道事業再構築実施計画（令和六年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に同法第二十四条第二項（同条第七項（同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）及び同法第二十九条の九において準用する場合を含む。）の規定による認定を受けたものに限る。）に基づき同法第二条第十号に規定する鉄道事業再構築事業に係る同号の旅客鉄道事業の用に供する土地又は建物で政令で定めるものの所有権、地上権又は賃借権の取得をした場合には、当該土地又は建物の所有権、地上権又は賃借権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定の日から一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、所有権の移転の登記にあつては千分の十とし、地上権又は賃借権の移転の登記にあつては千分の五とする。
 （新幹線鉄道の建設に係る不動産の所有権の移転登記等の免税）第八十四条 特定建設線（全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第四条第一項に規定する基本計画に定められた同項に規定する建設線のうち政令で定めるものをいう。）の同法第六条第一項に規定する建設主体として同項の規定により国土交通大臣が指名した法人が、同法第九条第一項の規定による国土交通大臣の認可を受けた当該特定建設線の工事実施計画に係る同法第二条に規定する新幹線鉄道の鉄道事業法第八条第一項に規定する鉄道施設の用に供する土地の所有権若しくは地上権の取得又は建物の建築をする場合には、当該土地の所有権の移転若しくは地上権の設定の登記又は当該建物の所有権の保存の登記については、財務省令で定めるところにより当該取得又は建築後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。
 （鉄道事業者が取得した特定の鉄道施設に係る土地等の所有権の移転登記等の免税）第八十四条の二 鉄道事業法第十三条第一項に規定する第一種鉄道事業者（地方公共団体の出資に係る法人で政令で定めるものに限る。）が、平成九年四月一日から令和十三年三月三十一日までの間に、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第一項に規定する旅客会社、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成十三年法律第六十一号）附則第二条第一項に規定する新会社又は旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第三十六号）附則第二条第一項に規定する新会社（以下この条において「旅客会社等」という。）から取得した鉄道事業法第八条第一項に規定する鉄道施設（次に掲げる要件の全てを満たすものに限る。）に係る土地の所有権、地上権若しくは賃借権の移転又は建物の所有権若しくは賃借権の移転の登記については、財務省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。
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 （施行期日）第一条 この法律は、公布の日から起算して三月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
 附 則
+（施行期日）第一条 この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
+附 則
 （施行期日）第一条 この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
 一 略